Id-Direttorat għall-Affarijiet Farmaċewtiċi għandu l-missjoni li jiżviluppa u jimplimenta politiki farmaċewtiċi tal-Gvern ġusti u s-sostenibbli, u jippromwovi l-eċċellenza fil-kura tal-pazjent billi jassigura l-użu sikur, razzjonali u kosteffettiv tal-mediċini.